一、含义不同
商议是指针对某些问题，为达成一致意见而进行商量、讨论。
协议是指共同计议，协商；经过谈判、协商而制定的共同承认、共同遵守的文件。
二、表达方式不同
商议主要表达方式：是口头上进行商量、讨论；
协议主要表达方式：是形成书面的有关文件或者材料。
三、出处不同
商议出自：
唐 白居易 《与茂昭诏》：“如或乖违，续有商议。”《醒世恒言·卢太学诗酒傲王侯》：“你快去叫我哥哥来商议。”
协议出自：
《隋书·律历志中》：“二人协议，共短 孝孙 。”
宋·无名氏《儒林公议》卷上：“ 弼 （富弼）与韩琦协议，制以三年为率，不得复有干请。”
