员工考勤档案一般保留两年即可，一般，档案的保管期限定为永久、定期两种，列为永久保存的档案，是对社会主义事业的各项工作以至永世久代具有查考作用的档案，列为长期保存的档案，是不具有广泛社会意义和科学历史意义的。
机关内用于进行机关工作需要查考的文件材料，列为短期保存的档案，考勤属于短期保存档案。
乡镇公务员考勤档案可保存多久
一般一年。上级没有固定标准，有些乡镇没有考勤，有些乡镇在考勤，有些单位考勤就是一个形式，有些单位通过考勤来确定一些待遇的发放，比如应休未休年休假，下村补助等，还有已经取消的加班、值班补助等等，所以这些就是一年，考核结束就不需要再存档了。
